B社は成果物を完成させる責任があり、その方法は問われません。
よって、A社のプロジェクトの下で作業を行う必要はありません。

A社とB社は請負契約であり、B社は成果物を完成させる責任を負います。
このため、B社要員はB社の指揮命令系統の下で作業を進める必要があります。
A社のリーダーがプロジェクトチーム全員（＝B社要員を含む）に作業指示を行うことは、A社がB社要員に直接指揮命令を行う状態となり請負契約の原則に反します。
このような状態は偽装請負とみなされる可能性があり適法とは言えません。